然而在意识到农业害虫法案不适用于转基因物种之后，一个横跨多个不同部门的委员会得以成立，这一委员会的成立就是为了起草一个可以监管转基因物种的研究、生产、使用和应用的法案来使其对人类和环境的风险最小化。这一工作的成果就是转基因生物法案（Act No. 15 of 1997）（以下简称转基因生物法案）的颁布并于1999年12月正式开始执行。自2000以来，涉及转基因物种的活动均在此法案的监管之内并由农林渔业部（DAFF）负责执行。
转基因物种法案覆盖所有涉及转基因物种的活动——如进出口、运输、研究、生产、使用及贮藏。在一个转基因物种可以使用的决定作出之前，需要进行一个多学科的风险评估，这一过程需要科学顾问委员会、多政府决策机构和执行理事会的参与。这些评估主要集中于转基因生物可能对人类、动物和环境带来的潜在风险并保证符合国际标准制定结构的规定。
转基因生物法案为转基因物种的不同用途提供监管依据——包括实验室或者温室的研究（封闭使用）、作为食物或饲料（商品许可）、限制性的环境释放（限制性的田间试验）、商业化释放（正式释放）等。在南非不同环境条件下获得转基因物种的表现及安全数据之前，正式释放的申请无法获得授权。每一授权均限定在特定条件并且其执行情况会受到农林渔业部的监测。
南非在2003年8月14日批准了生物安全议定书。转基因生物法案在2006年也进行了修订（GMO Amendment Act, Act No. 23 of 2006）——这一修订主要是为了规定南非在这一议定书前提下应尽的义务。
1997年，Bt棉花成为南非第一个商业化种植的转基因作物。目前南非仅有三种转基因作物获得批准进行商业化种植，它们分别是玉米、棉花和大豆。这些作物经改良后对特定害虫具有抵抗力以及（或者）能耐受某些除草剂。一些旨在获得转基因玉米、棉花和甘蔗新品种正式释放授权的田间试验仍在进行中。
2001年，科技部门制定了“南非国家生物技术战略”。这一举措着眼于通过启动科技及其配套产品和服务的研发来解决其健康、工业、农业部门对基于科学的创新的急切需求。然而，很快人们就发现这一战略有着明显需要跨越的鸿沟。此战略重点关注的是资本能够快速获得回报的、与市场联系紧密的技术的商业化过程，而不是形成一套完善的针对生物技术产品的创新价值的产业链。随着2013年“生物经济战略”的发布，这一战略也随之修改：焦点转变为生物技术部门与ICT部门、环境署、社会科学和其他技术——尤其是本土知识实践系统（IKS）——的结合来创造满足针对农业、健康和工业部门需求的一体化解决方案和工业应用。
小农场主应用抗虫抗除草剂玉米的成功案例
虽然小农场主为南非的粮食产量做出了很大的贡献，但是他们仍需要更好的耕种方法来提高他们的产量和收入。政府已通过各省的农业部门推行了一系列的计划来提高这些农民务农和经商的技能，并通过向他们介绍高效率的工具和使用方法来克服目前面临的农业和气候的双重挑战。AfricaBio公司与豪登省（Gauteng）农业与农村发展部在过去八年来一直都有合作关系，他们一起向豪登省许多新兴农民以及他们的社群推荐抗虫和耐受除草剂的玉米，并且亲自实践证明农业生物技术在作物保护上所扮演的重要角色，他们的努力使得产量提高并且农民的收入也得到增长。
在比勒陀利亚以北40公里的Masopane有一个名为Onverwaght 的农场，这个农场坐落在一个斜坡上，远远望去绿色的玉米地就像是铺上了一层地毯。
在这片土地上，35岁的Sophie Mabhena追逐着她的农场梦想。Mabhena在这片385公顷的农场上长大，这片农场的产出支持了她的学业以及她整个家庭的生计。作为一个种植玉米的农民，如果她期望将收获的玉米卖给小路尽头的磨坊主以赚取较多收入，她必须控制好田间的害虫和杂草。
Mabhena于是种植了既抗虫又耐受除草剂的转基因玉米，这种玉米含有可以抗虫的Bt基因；同时也对除草剂有耐受性，有利于对杂草的控制。不同程度的蛀茎夜蛾侵染，会使玉米产量减产20%～80%。对玉米轴的侵害则会为霉菌感染玉米创造条件，这又转而产生霉菌毒性物质，当人们食用这些受污染的作物后，可能会引起严重的健康问题。“我对既抗虫又耐受除草剂的玉米非常满意，因为它可以减少农药使用和田间人工除草而产生的费用，但是最主要的收益还是来自于种植这种优良玉米品种所带来的高产和高收入”， Mabhena说道。
尽管目前仅在农场的小片地区种植了转基因玉米，但是Mabhena相信这种玉米是对抗害虫和杂草的保证，她也因此从未考虑再重新种回以前的玉米品种。对她来说，她的选择是一直不停地增加种植转基因玉米的面积，这样她就可以向磨坊主出售更多的玉米。她目前的愿望是可以扩大养殖场的规模，她的养殖场目前已有75圈牛、绵羊、山羊和鸡。同时她还说到她在另一小块土地上种植的蔬菜也快可以采摘到市场上去卖了。
“我不会再去种植那些传统玉米了；已经回不去了”，Mabhena说到。“从产量角度考虑，通过使用这种既抗虫又耐除草剂的玉米种子，我获益很多；并且在未来五年内，我想增加转基因玉米的种植面积到100公顷，那时我将会成为一个顶级农场主了。”
Sarah Buda 女士在2008年了解到了Bt玉米，自此之后每年都会种植两公顷的这种玉米。她说她和她的丈夫是在机缘巧合之下成为种植玉米的农民的。
“我以前一直在种植蔬菜，但是当我参加豪登省农业与农村发展部组织的展览会并接触到Bt玉米之后，我对种植Bt玉米很有兴趣并且毫不后悔。”，Buda说到。
Buda之前由于不能很好地开发她的土地，因此她将土地出租了，但是现在她却计划好好利用起她比勒陀利亚市外的Varkfontein农场222公顷中的140公顷土地。“自从我接受种植Bt玉米的训练之后，我对商业种植变得雄心勃勃，因为我已厌倦仅仅只是一个新兴农民，我想要更多的收入来发展我的农场并且实现我作为一个农场主的价值”，Buda说到，“我之前用井水来灌溉蔬菜而只用雨水灌溉玉米；以后我也会用井水来灌溉我的玉米了”
在第一年，Buda种植了转基因玉米。她意识到这是一个好的品种，因此还举办了一个田间展示日来向其他农场主展示种植Bt玉米的好处。
“对我来说，Bt玉米比传统玉米更有优势，因为没有蛀茎夜蛾会感染这些玉米并且没有必要使用农药”，Buda说到。她同时还惋惜到“一些人不停地抱怨转基因玉米，担心他们对健康的影响，但是我们已经食用过转基因玉米了，什么事都没发生。许多人也吃过来自转基因玉米的玉米粉。”Buda的下一步计划就是在整个农场上种植Bt玉米，同时她对种植转基因大豆也饶有兴趣，“由于已享受到种植转基因玉米带来的益处，我正在鼓励其他农场主采用这一技术，因为农业也是一门生意，我们需要赚取。如果你种植一种作物，但是它却不能给你带来任何收益，这种事你会做么？”
使用抗“终结者”（Round Up）除草剂的种子已经帮助Buda解决了杂草的难题，但是在她的蔬菜里控制杂草的技术仍然在研发过程中。
