春运期间，北京南站开启了41台门式测温仪、19台红外测温仪以及39台手持测温设备，定时对各类测温设备校准维护，对所有进出站旅客进行无接触体温检测。车站也加强了站内消毒工作，对进出站口、候车室、检票口、卫生间、电梯等部位严格按标准消毒，并适时提高消毒频率，同时确保候车室内的通风换气。
值得一提的是，车站在候车区座椅上张贴了“请间隔就座”的明显标识，引导旅客保持候车距离。此外，北京南站也有应急口罩供旅客取用，站内共新增16台口罩机，免费提供独立包装的一次性口罩，以便应对旅客忘带口罩、口罩破损等情况。
北京南站提醒乘客，受目前新冠肺炎疫情影响，北京南站春运期间视情况部分车次临时停运，请有出行需求的旅客随时关注铁路官方信息，合理安排出行需求。
地铁方面，北京南站常态化落实轨道交通保障机制，春运期间根据到达客流实际情况，及时向北京市交通委申请地铁4号线、14号线双向延长运营时间，保证夜间到达旅客通过地铁快速换乘离站。公交方面，车站加大春运期间的公交运力保障，南、北两个公交场站运营19条公交线路，其中23:00以后夜间开行13条。
